Тогда следить за шагом стекинга/фокуса.
Если будете делать ещё (и не получится) - можете выслать, кроме результата исходники (лучше в личку).
Стекинг не получится, если нет постепенного (плавного) перехода от ближней границы фокуса на объекте к дальней.
Например, лежит карандаш - один край ближе (к камере), другой дальше - стекинг получится. А если лежат два карандаша - один ближе, а другой дальше и один частично перекрывает другой, то вам не удастся достичь резкости на обоих - граница перекрытия будет нерезкой, или, если граница резкая, то дальний объект вблизи этой границы будет нерезким. (чудесов не бывает)
Ещё могут быть проблемы когда в процессе фокусировки (особенно при близкой дистанции) картинка меняется в масштабе (угол изображения ощутимо меняется): тут - ДА, может не получиться. Нужно стекло с "голливудским фокусом" - с внутренней фокусировкой, когда фокальная (во время фокусировки) плоскость остаётся на месте. Фотошоп может просто не уметь учитывать такие вещи.
Может ещё есть другие причины, мне неизвестные..
Не должно быть такого.. А можно взглянуть на результат?